通常は Fedora 標準の ソフトウェア で rpm 版か flatpak 版かを選べば良いだけ。
なにかおかしいときだけコマンドを使って復旧する
ドキュメントから使うコマンドを抜粋
アプリケーション hoge をインストールする
$flatpak install hoge
flatpak でインストールされているものを表示する
$flatpak list
flatpak でインストールされたアプリケーションの修復
$flatpak repair
アプリケーション hoge を実行する
$flatpak run hoge
インストールされたアプリケーションをアップデートする
$flatpak update
flatpakのドキュメントはこちら
https://docs.flatpak.org/en/latest/flatpak-command-reference.html